Stavba vysokorychlostní sítě bude rozdělená do dvou fází, z čehož trať přes Benešov je plánovaná ve druhé stavební vlně, stejně jako propojení Prahy a Brna.

Druhá fáze stavby nové železniční sítě je směřovaná k roku 2050. Při propojení Prahy a Brna vysokorychlostní sítí jsou dvě pracovní varianty napojení. Jižní větev by měla směřovat kolem Benešova a severní přes Havlíčkův Brod.

Mezi prvními vysokorychlostními tratěmi, které chce Správa železniční a dopravní cesty stavět, jsou úseky napojující českou síť do zahraničí.

Kolem roku 2030 by se mělo pracovat na spojení Prahy s Německem přes Ústí nad Labem a Drážďany a rovněž přes Plzeň a Mnichov.

Na Moravě jde o spojení Brna a Břeclavi s napojením na Vídeň a Bratislavu, dále pak spojení Brno a Přerov.

Vybudování zcela nové sítě vysokorychlostních tratí v Česku by mohlo stát 360 miliard korun.

Ceny jízdenek ve vysokorychlostních vlacích by se neměly výrazně lišit od cen běžné železnice a plán je, aby se pohybovaly kolem jedné koruny za kilometr.