Část kolejí na Hlavním nádraží zabírají nákladní vagóny. Rekonstrukci zahrnující nové nátěry kovových částí, výměnu skel a související práce provádí společnost Metrostav, která si od ČD Cargo pronajala několik vozů pro návoz materiálu přímo na staveniště a odvoz nepotřebných demontovaných dílů. Jejich nakládka a vykládka se provádí v Praze-Libni.